Ngôi thiền tự được Hoà Thượng Thích Thanh Từ ban tên là Thiền Viện Sùng Phúc trong chuyến thăm viếng miền Bắc vào những ngày đầu xuân Ất Dậu - 2005.
Trong hơn 20 năm không có trụ trì, trải qua bao thăng trầm của thời cuộc, ngôi chùa làng hầu như đã trở thành phế tích vì đạn bom nhưng vẫn là nơi "ấp ủ hồn dân tộc" và cũng là nơi lưu giữ "nếp sống muôn đời của Tổ tông". Dân làng vẫn thường xuyên sớm hôm hương khói, giữ gìn mặc dầu gặp không ít gian nan, khó khổ.
Ngày 11.6. năm Mậu Dần (năm 1998) ngôi chùa làng hội đủ duyên lành đón Thầy Thích Trúc Thông Giác về nhập tự giáo hoá.
Thầy Thông Giác sinh ra tại tỉnh Bắc Ninh, công tác tại thành phố Hà Nội, có duyên lành với Phật pháp, với hoài bão tìm cầu chánh pháp, Thầy đã chẳng quản đường xa ngăn cách vào miền Nam tìm thầy học đạo, xuất gia với Hoà Thượng Thích Thanh Từ, sau đó được Hoà Thượng cho phép trở về quê nhà hoằng dương đạo pháp.
Thầy đã từng trụ trì chùa Trường Lâm thuộc huyện Gia Lâm trước khi trụ trì tại Thiền tự Sùng Phúc.
Thế là sau hơn hai mươi năm, giờ đây:
"Đất chùa thơm ngát hương hoa giác,
Vườn tâm giải thoát nảy chồi xanh
Âm vang bát nhã bừng tâm thức
Cõi mê rung chuyển hoá trời lành"
Đây quả là một nhân duyên hy hữu, cũng vào thời điểm này với chủ trương khôi phục tinh thần Thiền Phái Trúc Lâm Yên Tử - một dòng Thiền mang tính đặc thù của dân tộc, đã từng góp phần xứng đáng vào kho tàng đạo đức và trang sử hào hùng của đất nước và dân tộc Việt Nam. Trong miền Nam, Hoà Thượng Thích Thanh Từ đã thành lập các thiền viện để hướng dẫn Tăng, Ni, phật tử tu tập nhưng vẫn chưa đủ duyên lành về nơi chốn Tổ mặc dù phật tử Miền Bắc rất thiết tha khát ngưỡng.
Với những thuận lợi đã có, cùng với lòng nhiệt thành tha thiết, thầy Thông Giác đã tích cực xây dựng những đạo tràng tu tập thiền và vận động chính quyền, đoàn thể, ban ngành, giáo hội, các cấp hỗ trợ cho công cuộc khôi phục Thiền phái Trúc Lâm, tôn tạo trùng tu lại những dấu tích xa xưa của chốn tổ non thiêng Yên Tử.
Vạn sự khởi đầu nan, những khó khăn bước đầu tưởng chừng không thể vượt qua nhưng với quyết tâm cao, lòng chân thành hướng về phật pháp, được Tam Bảo gia hộ nên dần dần mọi việc đều trở nên hanh thông.
Tin vui về việc xây dựng một Thiền Viện Trúc Lâm ở phía Bắc đang đến gần thì cũng là lúc thầy Thích Trúc Thông Giác lại sớm đi xa. Thầy lâm bạo bệnh bất ngờ và mỉm cười từ giã mọi người vào một ngày cuối năm trong cái giá rét đầy thương nhớ, ngày mùng 5 tháng Chạp năm Canh Thìn (năm 2000).
Hai thầy trẻ tuổi Tâm Thuần và Tâm Chánh từ Thiền Viện Trúc Lâm Đà Lạt được Hoà Thượng cử ra để chăm sóc sức khoẻ cho thầy Thông Giác, với gương hạnh tận tụy hy sinh, khiêm cung từ ái, giờ đây được phật tử và dân làng mến phục nên thỉnh cầu Hoà Thượng cho hai thầy được ở lại thiền tự Sùng Phúc để tiếp tục công việc còn đang dang dở, và Hoà Thượng đã mỉm cười hoan hỉ.
Thế là Sùng Phúc đã trở thành một trung tâm đảm đương biết bao công tác phật sự trong giai đoạn xây dựng khẩn trương này. Sùng Phúc trở thành một thiền tự ngày càng có nhiều phật tử về tu tập, mạch nguồn Thiền Tông lại được khơi dòng từ đây.
Đến ngày 16 tháng 2 năm Giáp Thân (2.5.2004), một ngôi nhà gỗ, mái ngói hai tầng với tổng diện tích khoảng 460 m2 được khánh thành để sử dụng làm Thiền đường, giảng đường và trai đường tạm đủ cho khoảng 600 phật tử thuộc thành phố Hà Nội và các vùng lân cận đến tu tập.
Nhân dịp này có Chư Tôn Hoà Thượng, Thượng Toạ, Đại đức Tăng, Ni và Phật tử các nơi về chứng minh và tham dự lễ an vị Phật và mừng lễ khánh thành ngôi Thiền đường.
Ngày 18 tháng giêng năm Ất Dậu (26.2.2005) sau hai năm nhập thất, Hoà Thượng đã trở lại miền Bắc chứng minh lễ khai pháp và ban thời pháp đầu tiên trong năm tại Thiền Viện Sùng Phúc, số lượng phật tử khoảng trên 1500 người. Và sau đó, ngày 25 tháng giêng năm Ất Dậu (5.3.2005), Hoà Thượng làm lễ quy y cho hơn 500 phật tử.
Ngoại trừ Thiền đường tương đối khang trang vừa mới được xây dựng ra, các hạng mục đều là những công trình được tu sửa tạm sau chiến tranh, nên đến năm 2005 đã xuống cấp trầm trọng, không đảm bảo an toàn mỗi khi có Phật tử về tu tập đông đảo.
Với sự nhiệt tình ủng hộ của nhân dân thôn Xuân Đỗ Thượng, sự giúp đỡ của chính quyền các cấp, đặc biệt là được sự khuyến tấn của chư tôn Giáo phẩm Hội đồng Trị sự Trung ương, Ban Trị sự Thành hội Phật giáo thành phố Hà Nội, chư Tăng và Phật tử đã đạo đạt nguyện vọng đại trùng tu thiền viện Sùng Phúc lên Hoà Thượng Thích Thanh Từ và đã được Ngài hoan hỷ hứa khả. Dự án đại trùng tu đã được triển khai.
Lễ đặt viên đá đầu tiên được cứ hành vào ngày Rằm tháng 5 năm Ất Dậu (2005). Sau hơn 5 tháng khẩn trương thi công, bất kể ngày đêm, công trình đã được hoàn thành và được Hoà thượng Tôn sư cắt băng khánh thành vào ngày 04 tháng 11 năm Ất Dậu nhằm ngày 04 tháng 12 năm 2005.
Một ngôi chánh điện nguy nga hai tầng, tầng trên là Chánh điện, tầng dưới làm nhà Tổ, một dãy nhà khách và nhà Tăng đã được hoàn thành trong niềm hoan hỷ vô biên của toàn thể Tăng, Ni và Phật tử khắp mọi nơi.
Ngày nay, Thiền Viện Sùng Phúc không chỉ là nơi tu tập của các phật tử lớn tuổi mà tại đây còn là nơi tu tập và sinh hoạt của bạn Thanh Thiếu niên đủ mọi lứa tuổi và đã đóng góp một phần không nhỏ vào việc khôi phục lại tinh thần Thiền Phái Trúc Lâm Yên Tử ở miền Bắc như Hoà Thượng Thích Thanh Từ luôn tâm niệm.
Hằng tuần, mỗi chiều thứ bảy có khoảng 150 phật tử khắp nơi trong thành phố thường xuyên về thực tập tọa thiền và nghe pháp.
Ngày tu tập hạnh giải thoát vào ngày thứ bảy cuối tháng Âm lịch quy tụ từ 700 đến 800 phật tử khắp nơi về tu tập. Việc tu học của phật tử ngày càng khởi sắc và phát triển.
Với hoài bảo luôn chăm lo cho việc kế thừa Phật pháp trong tương lai, thầy trụ trì Tâm Thuần sau khi bàn bạc cùng chư Tăng trong Ban lãnh đạo đã quyết định tổ chức một môi trường tu tập cho Thanh Thiếu Niên, là con em của các Phật tử các đạo tràng. Thầy Thông Tánh từ thiền viện Trúc Lâm Đà Lạt ra đã được giao trách nhiệm tổ chức cho các cháu sinh hoạt và tu tập với sự tận tình giảng dạy của quý thầy trong ban giáo thọ.
Và thế là Đoàn Thanh Thiếu Niên Phật Tử Trần Thái Tông ra đời vào ngày 28/7/2007 (Rằm tháng 5 năm Đinh Hợi). Với số lượng khiêm tốn lúc ban đầu là 30 cháu, đến nay sau hai năm hoạt động số lượng các cháu đến sinh hoạt tu học lên đến khoảng 80. Đoàn đã gây được tiếng vang và có ảnh hưởng lớn đến môi trường sinh hoạt thanh niên tại thủ đô Hà Nội.
Trong năm 2008, đoàn đã tham dự hội trại của Thanh Thiếu Niên Phật tử thủ đô và các tỉnh lân cận do Ban Hoằng Pháp Trung ương tổ chức nhờ thế đoàn đã được gặp gỡ giao lưu với nhiều đoàn Thanh Niên bạn.
Đoàn thường xuyên sinh hoạt giao lưu với các GĐPT Vĩnh Minh, Bảo Phúc, Long Hoa tỉnh Hưng Yên và với các CLB Thanh Niên khác như: CLB Việt Nam Xanh, CLB TNPT Về Nguồn chùa Đình Quán, CLB TNPT chùa Ngọc Quán, CLB TNPT Quán Sứ, CLB Võ thuật Vịnh Xuân Tây Hồ …. một số các em học sinh ở các trường PTCS Cát Linh, PTTH Việt Đức ….. cũng đến thiền viện giao lưu học hỏi.
Với một Ban giáo thọ gồm 6 vị, quý thầy đã đảm trách giảng dạy cho Tăng, ni và phật tử tại thiền viện Sùng Phúc cũng như tại các đạo tràng. Thiền viện cũng kết hợp chặt chẽ với Ban Hoằng Pháp Thành Hội thuyết giảng cho các phật tử đạo tràng Pháp hoa.
Với hơn 40 buổi giảng trong 1 tháng, riêng tại Sùng Phúc là 7 buổi, các thầy giáo thọ đã mồi ngọn đèn Thiền đi khắp mọi nơi.
Và đặc biệt trong năm 2009, Thiền viện đã kết hợp với Ban Hoằng pháp Thành hội tổ chức thành công “Lễ cầu nguyện và tư vấn mùa thi” cho các em học sinh lớp 9 và lớp 12.
Với số lượng phật tử tham gia tu học ngày càng đông hơn, thiền viện Sùng Phúc đã trở nên chật chội, không đủ chỗ lễ Phật, tọa thiền và nghe pháp cho 800 phật tử.
Thể theo nuyện vọng của Tăng ni và phật tử , thầy trụ trì đã xúc tiến việc xây dựng thêm các công trình: nhà Tổ, nhà Tăng và Thiền thất để tiếp đón Hòa thượng tôn sư cũng như chư vị Tôn túc mỗi khi các ngài đến thăm thiền viện.
Ngôi nhà 3 tầng sẽ là nhà Tổ, Thiền đường và Trai đường đủ chỗ cho 1.000 người trong các sinh hoạt tu học.
Kinh phí xây dựng tất cả các hạng mục công trình ước tính khoảng 13 tỷ đồng. Hiện tại tình hình tài chánh của thiền viện đang gặp nhiều khó khăn nên các công trình xây dựng được dự trù hoàn thành trong thời gian ba năm. Công trình được triển khai trước tiên là ngôi thiền thất.
Sau hơn 3 tháng chuẩn bị, đến nay mọi thủ tục đã hoàn tất, công trình được khởi công ngày 18/7/2009.
Nguyện cầu Hồng ân Tam Bảo từ bi gia hộ cho các hạng mục công trình sớm được hoàn thành như ý nguyện để Tăng ni, phật tử chúng con có được một ngôi thiền viện khang trang, tốt đẹp và rộng rãi để cùng nhau nương về tu tập.
