ước đây vùng đất Phường Tân Thành còn là một vùng đất hoang sơ. Năm 1960 ngôi trường được hình thành thuộc giáo xứ Tân Phú và mang tên trường trung tiểu học Thánh Minh. Sau 30/04/1975 Nhà nước tiếp quản trường vẫn mang tên cấp 1,2 Thánh Minh, đến năm 1977 trường được đổi tên thành trường cấp 1,2 Phan Bội Châu (mang tên nhà chí sĩ cách mạng lãnh đạo phong trào Đông Du). Khi đó trường có 2 cơ sở: cơ sở 1 giảng dạy học sinh từ lớp 6 đến lớp 9, cơ sở 2 giảng dạy từ lớp 1 đến lớp 5.
Năm 1983 do thay đổi loại hình trường được tách cấp; cơ sở 2 chuyển thành trường tiểu học Lê Văn Tám hiện giờ và cơ sở 1 chính thức thành trường PTCS Phan Bội Châu sau là trường THCS Phan Bội Châu có lớp hệ B. Đến năm 1995 trường bước tiếp trang mới chuyển thành trường THCS Bán công Phan Bội Châu và đến năm học 2007-2008 chính thức chuyển đổi mô hình mới trường THCS Công lập Phan Bội Châu tự chủ tài chính.
Trong quá trình trường hình thành dưới sự quản lý của BGH và đội ngũ sư phạm nhà trường đã góp phần cùng với Quận nhà đào tạo nhiều thế hệ học sinh có vị trí trong xã hội. Trường nhiều năm liền là ngôi trường tiên tiến, đơn vị văn hóa cấp Quận có phong trào TDTT mạnh, là mái trường Xanh - Sạch - Đẹp cấp TP. Sự chuyển mình mạnh mẽ về chuyên môn với nhiều giáo viên dạy giỏi có giải cao trong các cuộc thi của Quận cũng như phong trào học sinh giỏi trong các cuộc thi các cấp và năm học 2007 – 2008 tập thể nhà trường được vinh dự nhận danh hiệu thi đua Trường Tiên tiến Xuất sắc cấp TP do UBND TP.HCM trao tặng bằng khen.
Trong những năm học kế tiếp tập thể sư phạm quyết tâm đổi mới các mặt trong giáo dục và đào tạo qua việc đầu tư các hoạt động chuyên môn, phong trào cùng các lực lượng xã hội trong và ngoài trường nhằm giữ vững và nâng cao hơn các danh hiệu thi đua đã đạt để đưa nhà trường xứng tầm với sự nghiệp giáo dục tại địa phương.
